Ritornata la giurisdizione pontificia anche ad Ariccia, nell'aprile 1800 i religiosi vallombrosani ripresero il possesso del santuario di Galloro, e pretesero la restituzione dell'immagine della Madonna di Galloro, ancora conservata nella collegiata di Santa Maria Assunta ad Ariccia. Poiché non si giungeva ad un accordo tra i vallombrosani e i canonici ariccini, la questione venne portata davanti a papa Pio VII, in quel momento ancora a Venezia, che ordinò di trasferire l'immagine nuovamente al santuario.[42]. Nella notte tra 5 e 6 novembre 1801 la Madonna di Galloro venne così trasferita in fretta e furia, «per ragione dei tempi che allora correvano»[42], al santuario. L'8 dicembre di quello stesso anno si poté festeggiare normalmente la festa della signorina.

In seguito alla nuova occupazione napoleonica dello Stato della Chiesa, il potere pontificio venne rovesciato, gli ordini religiosi confiscati ed i loro beni svenduti. Presso il santuario di Galloro ormai da anni non erano presenti i religiosi vallombrosani, ma vi risiedevano stabilmente in loro vece due sacerdoti sudamericani, padre Eusebio Castagnares e padre Pietro Nogal: essi mantennero da soli la chiesa e i beni rimasti al monastero soppresso, rifiutandosi si prestare il giuramentro di fedeltà riochiesto dai francesi.

Dopo il ritorno a Roma di papa Pio VII, al termine della parentesi napoleonica, il cardinale vescovo della sede suburbicaria di Albano Antonio Dugnani chiese di accorpare il santuario di Galloro al seminario vescovile di Albano Laziale, per unire le rendite dei due istituti: e il Papa acconsentì con Breve apostolico del 24 agosto 1816. Tuttavia, già nel novembre 1816 il seminario di Albano cederre il convento e il santuario con le sue rendite alla Compagnia di Gesù. Numerosi gesuiti infatti, nel periodo della soppressione dell'ordine, erano riparati nella vicina Genzano di Roma ospiti di privati e indirizzati dal vescovo di Veroli Giovanni Battista Jacobini, genzanese di nascita: perciò l'ordine ebbe modo di estendere la propria influenza sul santuario di Galloro, che d'altra parte non poteva essere gestito nuovamente dai religiosi vallombrosani che non avevano religiosi da inviare a Galloro. Il cardinale vescovo della sede suburbicaria di Albano Michele Di Pietro il 12 febbraio 1817 ratificò la presenza dei gesuiti nel santuario di Galloro.

Il 20 ottobre 1818 papa Pio VII partì dalla residenza pontificia di Castel Gandolfo diretto al santuario di Galloro per procedere alla solenne nuova incoronazione della Madonna di Galloro: così Giuseppe Boero nelle sue memorie ricostruisce l'accoglienza fatta al Papa:
    « Era la chiesa dentro e fuori parata il più sontuosamente che si poté, con damaschi e cascate di festoni, e gran doppieri, e iscrizioni latine. Il numero de' sceltissimi personaggi, che intervennero presenti a questa sacra funzione, fu tanto, quanto forse non si vide mai altra volta a Galloro. Oltre i tre Cardinali e quattro Vescovi orientali e la numerosa corte del Papa, c'era la Reina d'Etruria con gli augusti suoi figliuoli, il Ministro di Portogallo, il Principe di Sassenghota, due Principesse, l'una Polacca e l'altra Tedesca, e le eccellentissime case Chigi, Doria, Altieri, Fiano, Ruspoli, Torlonia, Marescotti, tutti nobilmente in assetto dei loro abiti. »
    
(Giuseppe Boero, Istoria del Santuario della Beatissima Vergine di Galloro], pp. 43-44.)

Carlo IV di Spagna nel 1819 donò tre rose dorate alla Madonna di Galloro con una solenne celebrazione alla presenza del cardinale vescovo Michele Di Pietro.

Il 25 giugno 1822 le reliquie di san Francesco di Geronimo, gesuita napoletano vissuto nel Settecento, vennero solennemente esposte nel santuario di Galloro durante la traslazione da Roma a Napoli voluta fortemente da Ferdinando I delle Due Sicilie.[53]. Accaddero, per intercessione del santo, alcune miracolose guarigioni, come quella riportata nella sua opera da Giuseppe Boero[54]:
    « Da due anni addietro un pover uomo per estremo sfinimento di forze non potendo reggere su le gambe la vita, era costretto a valersi delle grucce, e con esse strascinarsi alla meglio. Entrato in chiesa, e fattosi largo tra la calca del popolo, andò a gittarsi a boccone sopra i gradini dell'altare, e si raccomandò al Santo. Di lì a poco sentì corrersi per la vita nuovo vigore, e rittosi in pie', si trovò interamente sanato: onde gettò a terra le grucce, e cominciò a camminare speditamente per la chiesa [...] »
    
(Giuseppe Boero, Istoria del Santuario della Beatissima Vergine di Galloro], p. 45.)

Il popolo di Ariccia attribuì la propria protezione durante l'epidemia di colera del 1837 alla Madonna di Galloro, e la onorarono solennemente alla fine della propagazione del contagio[55].

Il principe Alessandro Raffaele Torlonia, che possedeva una villa a Castel Gandolfo, si recò spesso a visitare il santuario, e nel 1842 donò l'organo che è collocato sull'orchestra posta in fondo alla chiesa[56].

Il 26 ottobre 1845 il cardinale vescovo della sede suburbicaria di Albano Pietro Ostini presenziò alla nuova consacrazione della chiesa, alla presenza dell'arcivescovo di Damasco monsignor Francesco Briganti-Colonna, della famiglia Chigi e della famiglia Sforza-Cesarini[57].

Il re delle Due Sicilie Ferdinando II delle Due Sicilie, in compagnia di papa Pio IX, visitò il santuario di Galloro